Eugénio Fernandes é licenciado em Economia pela Universidade Católica Portuguesa e possui um MBA, pela University Of Chicago Graduate School of Business, em Estratégia de Marketing.

Iniciou a sua carreira profissional como gestor financeiro, nos escritórios portugueses da companhia aérea italiana Alitalia, entre 1994 e 1997. No mesmo ano, sai da Alitalia, ruma a Luanda, igualmente como diretor financeiro, mas desta vez da ENAVE – Estaleiros Navais de Luanda. Regressa a Lisboa e é durante dois anos CFO da empresa TETTUS NAVE.

Entre 2003 e 2005 tornou-se CEO da empresa Airplus, em Moçambique. Em 2005 ingressa na euroAtlantic airways, onde ocupa os cargos de diretor comercial e board advisor. Na euroAtlantic, em 2017, passa a CCO e board member. É desde Agosto de 2018 CEO da companhia aérea portuguesa. Eugénio Fernandes ocupa também o cargo de board member na STP – companhia aérea de São Tomé e Princípe e no operador turístico português ‘Sonhando’.